Jepang telah memasuki era baru inovasi teknologi ketika Hiden Intelegence, perusaan terkemuka dalam penelitian kecerdasan buatan, yang mengembangkan android mirip manusia yang disebut HumaGears, yang dengan cepat menjadi bahan pokok di sektor publik dan swasta. Namun, organisasi cyber-terorist yang dikenal sebagai “MetsubouJinrai.net” mulai meretas HumaGears dan mengubah mereka menjadi monster yang disebut “Magias” yang bertujuan untuk menghancurkan umat manusia. Pemerintah merespons dengan mendirikan “Artificial Intelligence Military Service” atau AIMS, untuk menghancurkan mereka.

Pemeran utama cerita ini adalah Aruto Hiden, seorang pemuda dengan cita-cita menjadi komedian yang kemudian dirinya diangkat sebagai CEO baru Hiden Intelegence setelah kematian kakeknya. Meskipun awalnya tidak tertarik, Aruto berubah pikiran setelah menyaksikan serangan teroris MetsoubouJinrai.net secara langsung; lalu akhirnya menerima dan menjadi CEO sekaligus Kamen Rider Zero-One untuk mewujudkan keinginan mendiang ayahnya untuk hidup berdampingan secara damai antara manusia dan HumaGears. Dan juga beraliansi yang tidak mudah dengan para Operator AIMS, Isamu Fuwa dan Yua Yaiba yang masing-masing dapat berubah menjadi Kamen Rider Vulcan dan Kamen Rider Valkyrie, sedangkan MetsoubouJinrai.net; dipimpin oleh HumaGears Horobi dan Jin, yang juga dapat berubah menjadi Kamen rider Horobi dan Kamen Rider Jin. Sementara itu, Gai Amatsu, CEO dari saingan perusahaan Hiden, ZAIA Enterprise, menyaksikan pertempuran mereka dari jauh dan bergerak maju dengan agendanya sendiri. Menyusul yang dikiranya kejatuhan MetsoubouJinrai.net, ia mengembangkan Rider Systemya sendiri dan menjadi Kamen Rider Thouser untuk menantang Aruto untuk supremasi teknologi, dan juga membuat teknologi untuk manusia berubah menjadi Raiders.

Setelah Metsubojinrai.net bangkit lagi, tetapi kebangkit kembalinya Ark sebagai Kamen Rider ternyata terlalu bahaya untuk hidup di Bumi, industri Hiden, ZAIA, dan Metsubojinrai.net mengesampingkan perbedaan mereka untuk memerangi ancaman ini. Tetapi, walaupun data asli Ark telah dihancurkan, data copinya masih hidup di dua Progrise Key dipegang Azu untuk memanipulasi Aruto dan Horobi di situasi parah, dimulai dari pengkhianatan Horobi terhadap koeksistensi antara kaumnya sendiri dan manusia, dan membunuh Izu, diikuti oleh pengorbanan Jin. Walaupun semua Kamen Rider mencoba menghentikan Aruto dan Horobi dari manipulasi Azu, mereka tetap tidak kuat mengalahkannya. Pertarungan antara Aruto dan Horobi telah dimulai. Aruto hampir dikalahkan tetapi dengan Realizing Hopper akhirnya Aruto berhasil mengalahkan Horobi dan menciptakan perdamaian kembali di Bumi.